Según las denuncias realizadas por medios locales en la Universidad Nacional del Caaguazú cuya máxima autoridad es el rector es el Lic. Ángel Rodríguez, se registran varias irregularidades. Supuestas contrataciones irregulares de docentes y funcionarios «acomodados» por políticos quienes aparentemente  estarían lucrando utilizando infraestructura del estado .

Se denunció que en la institución se registran supuestas irregularidades en la administración ; designación irregular de rubros a docentes por parte del ordenador de gastos, el decano Pablo Martínez Acosta, un «festín de viáticos» despilfarrando el dinero público;  supuestas sobrefacturaciones.

Se habla también  de una » caja paralela» recaudado por la Asociación de Funcionarios de la UNCA que por cursos de postgrados estarían recaudando millonarios montos y ahora esta siendo investigada actualmente por Delitos Económicos .

La Asociación de funcionarios y docentes de la Facultad de Ciencias Médicas realizan actividades de cursos con el aval de la universidad y el dinero recaudado no ingresa a la institución sino a la asociación ,de esta forma estarían lucrando utilizando infraestructura del estado.

A pesar de las denuncias y las investigaciones vigentes, en la UNCA continúan con el  esquema de “privatización” de los cursos de posgrados por parte de las asociaciones de funcionarios.

Actualmente el rectorado desarrolla un curso de posgrado que es administrado por la Asociación de Servidores Públicos del Rectora (Asosprec), presidida por Antonio Cardozo.

El pasado 18 de febrero la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional del Caaguazú, a cargo de su decano, Pablo Martínez Acosta fue intervenida tras la denuncia de integrantes de la Cámara de Diputados ya que aparentemente contrataron docentes y funcionarios que no cumplirían el perfil adecuado para los cargos.

Supuestamente la Facultad recauda para ciertos políticos ya que la mayoría de los funcionarios y docentes son «acomodados» con un cargo dentro de la institución .