De acuerdo  con el informe presentado por la Contraloría  General de la República (CGR) en el 2016, una diferencia de G. 1.249.536.217.863 fue registrada en la administración anterior a la de Enrique Riera. Actualmente, según el último documento presentado por  la (CGR), la cifra aumenta un poco más de G 46.000 millones.

El ente regulador refiere que, e l Ministerio de Educación y Ciencias (MEC) tiene tiempo hasta el próximo 28 de setiembre para implementar las medidas necesarias. Así también, indica que la documentación que debe respaldar esta millonaria suma,  en gran parte pertenece  a ejercicios de años anteriores, pero que afectan a la gerencia actual del Ministerio.
Una inconsistencia de más de G. 17.000 millones que no se expuso en el balance de diciembre del 2016, además deuda registrada por la ANDE. Esta situación, no se ajusta con lo establecido en la ley Nº 1535/99 de Administración Financiera del Estado.
Por otro lado,  algunos de los puntos establecidos como inconsistentes por la CGR ya se subsanaron, como la entrega de kits escolares durante el último periodo de Marta Lafuente. Lo mismo ocurrió con la distribución de útiles escolares del curso lectivo actual. El informe de la Contraloría puede encontrarse en el sitio web de la entidad www.contraloria.gov.py.
Además, la CGR constató que el inmueble sobre 15 de Agosto y Presidente Franco sigue sin titulación a favor de la cartera educativa. Edilicio que fue adquirido por USD 2 millones en el año 2009. Este edificio está en situación de abandono y es habitado por extraños.